GP500からMotoGPへ。YZR-M1の活躍

ウェイン・レイニーがレース中の事故によって現役を退いたあと、ヤマハチームは、ケニー・ロバーツやレイニーも才能を認めたライダー阿部典史を獲得。19歳の若さで世界GPへ送り出した。すると阿部は、フル参戦2年目の'96年、日本GPで500cc初優勝。さらに'99年リオGP、2000年日本GPでも勝利を収め、つねにランキング一桁に入るトップライダーへと成長していった。
またその間、ヤマハチームには元250ccチャンピオンのルカ・カダローラ、マックス・ビアッジなど実力派ライダーがあいついで加入。ファクトリーマシンYZR500も着実に性能アップし、タイトル奪還を狙った。しかし果たせぬまま、時代は21世紀へと移り、世界GPにも大きな変革の時が訪れた。これまでのGP500に替わり、990cc・4ストロークマシンによる新しい最高峰クラス、MotoGPがスタートしたのである。
ヤマハチームのマシンは、並列4気筒エンジンを搭載するYZR-M1。2ストロークに慣れたライダーの違和感を減らす出力特性、軽快な操縦性に配慮し、優れたトータルパフォーマンスを追求した。そして'04年、卓越したライディング技術と開発能力を兼ね備えたバレンティーノ・ロッシが加入すると、チーム戦力は飛躍的に向上。開幕戦から9勝を挙げてヤマハチーム初のMotoGPチャンピオンを獲得し、'05年にはライダー、メーカー、チームの3タイトル制覇でヤマハ発動機創立50周年に華を添えた。