1998年

ヤマハチームレイニーから阿部典史、J･M・バイルが、レッドブルヤマハWCMからS・クラファーとR・ラコーニ、この4選手がYZR500を駆り参戦した。ホンダチームの各ライダーが好調で優勝を重ねるのに対し、ヤマハ勢はクラファーの1勝だけに終わりランキングは阿部6位、クラファー7位、ラコーニ10位に終わった。

開幕前のテストでバイルが転倒負傷し前半を欠場。開幕戦日本GPでは、バイルの代役として開発ライダーの難波恭司が出場。またワイルドカードで芳賀紀行も参加した。阿部を含めた3人の日本人選手がYZR500を駆り地元レースを走る。阿部は他車と接触後退して14位に終わったが芳賀が3位表彰台、難波が5位と健闘。その阿部は第6戦マドリッドGPでトップのC・チェカ（ホンダ）をコンマ2秒差に迫る2位表彰台。第8戦イギリス、第12戦カタルニアでも3位表彰台を獲得。最終戦アルゼンチンでも予選17番手から猛烈な追い上げで4位入賞を果たすなどファクトリーチームのエースとしてコンスタントに上位入賞を果たした。

クラファーは序盤こそスーパーバイクからの乗り換えに戸惑いを見せていたが、第7戦オランダで3位表彰台に上がると続くイギリスではポールポジションを獲得。阿部、M・ドゥーハン(ホンダ）と互角の戦いを演じながらファステストラップを記録して後続を振り切りGP初優勝。1996年最終戦以来、22戦ぶりのヤマハの優勝となった。さらにクラファーは第13戦オーストラリアでも2位表彰台を獲得した。難波は日本GP以後も第2戦から第4戦、そして第9戦に出場。とくに第2戦マレーシアでは、結果的には転倒リタイアに終わったが序盤トップを走る活躍をみせた。またマレーシアでは、藤原儀彦がBPヤマハレーシングから参戦し7位となった。負傷のバイルの代役として第5戦フランス、第6戦マドリッドにL・カダローラが参戦しフランスで6位となった。この2人にシートを譲っていたバイルは、第10戦チェコから復帰、第11戦イモラではポールを獲得、決勝では5位となり実力を見せたが、結局怪我が響いてランキング16位に終わった。ラコーニは、日本GPのフリー走行で転倒負傷するが、復帰した第3戦スペイン以降はドイツの5位を最高に全戦ポイントを得て安定性を見せた。

ファクトリーチームの参戦を行わなかったが、開幕戦日本GPと第13戦オーストラリアGPにYZR250を投入した。日本GPでは、BPヤマハレーシングから中野真矢、YESSレーシングチームから松戸直樹がワイルドカードで参戦。加藤大治郎(ホンダ）との三つ巴のトップ争いとなり、トップの加藤には及ばなかったがGP初参戦の中野は2位、松戸も3位となった。中野は全日本での250ccチャンピオンを決めた後、10月のオーストラリアGPに参戦。予選3位、決勝4位となった。なお、市販レーサーTZ250でフル参戦した辻村猛は、全戦でポイントを獲得しヤマハ勢最上位のランキング8位となった。なおこの年のチャンピオンはL・カピロッシ（アプリリア）、ランキング2位はV・ロッシ（アプリリア）だった。